Organ upravljanja zavoda je svet zavoda.

Svet zavoda ima 7 članov, sestavljajo ga predstavniki:
  • 4 predstavniki ustanovitelja
  • 1 predstavnik zavarovancev
  • 1 predstavnik Mestne občine Ljubljana
  • 1 predstavnik delavcev zavoda

Predstavnike ustanovitelja imenuje Vlada Republike Slovenije, predstavnika Mestne občine Ljubljana imenuje Mestna občina Ljubljana, predstavnika zavarovancev imenuje Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije, predstavnika zaposlenih pa izvolijo zaposleni v zavodu.

Člani Sveta zavoda:
  • Tilen Vesenjak – predsednik, predstavnik ustanovitelja
  • Olga Lonec Pogačar -namestnica predsednika, predstavnica zaposlenih
  • Vesna Barovič – članica, predstavnica ustanovitelja
  • Janez Rifel – član, predstavnik ustanovitelja
  • Ermina Bender – članica, predstavnica ustanovitelja
  • Magdalena Mustar Pečjak – članica, predstavnica zavarovancev
  • Francka Trobec – članica, predstavnica Mestne občine Ljubljana